山岳信仰に帰依する修験道の修行道場として栄えた大山寺。
平安時代以降、山岳信仰の仏教化が進むにつれて寺院が増え、最盛期には100を超える寺院と3000人以上の僧兵をかかえるほど。一大勢力として、比叡山、吉野山、高野山に劣らないほどの隆盛を極めていました。
しかし、明治初期の神仏分離・廃仏毀釈をきっかけに衰退の一途をたどり、数多くあった寺も現在は4つの参拝堂と10の支院を残すのみ。
本堂は天台宗の古刹で、昭和3年に一度焼失、同26年に再建されています。もとの大日堂で、明治8年以降本堂となる。大山寺の開創は養老2年（西暦718年）金蓮上人が地蔵菩薩をお祀りし、修験道場として開かれましたが、貞観7年（西暦860年）天台宗第4代座主慈覚大師により天台宗に。
近世、封建時代には江戸幕府より3000余石寺領をゆるされ、別格本山としてその隆盛を極めました。
現在の本堂は、昭和3年の火災で焼失したものを昭和26年に再建したものです。