もとは720年に創建された妙観寺という寺院でしたが、1395年に雲龍寺として再建されました。本能寺の変で戦死した金森長近の長男・長則の菩提寺で、1590年頃に長近が建物を修営したと伝えられています。

雲龍寺鐘楼門は、1729年の大火にも、羽目板の一部に焼痕を止めただけで焼け残りました。

ゆるやかな屋根の頂部に露盤と宝珠を載せ、上層外廻りには戸溝があり、中央通路の両側が入り込みとなっていることなどから、元はお寺の鐘楼門ではなかったかと考えられています。「高山市寺院由緒記」には、1601年に金森長近から高山城にあった黄雲閣という建物を下げ渡され、これが鐘楼門になったと記されています。