高山城の初代城主・金森長近の菩提を弔うために建立された寺で、長近の法号にちなんで素玄寺と名付けられました。

素玄寺の見どころのひとつになっている入母屋造り銅板葺の本堂は、1635年に高山城の三ノ丸にあった評議場を移築したものです。

化粧屋根裏の一間通しの板廊下は、もと入口土間でした。一間半の長廊下を隔てて中央に大間と内陣、その右側に4室、左に2室の平面を有しています。大名の屋形を物語るにふさわしい書院造の遺構です。