본래는 다카야마 성주인 가나모리 씨의 별저 중 하나였으나 히다가 도쿠가와 막부의 직할지가 된 후로는 에도에서 온 지방관이나 군다이(군수)가 이곳에서 정치를 수행했습니다. 이 관청은 진야로 불리며 포고를 내거나 그밖에 조세를 거두기도 하는 장소였습니다. 군다이 관청의 주요 건물이 남아있는 곳은 일본 전국적으로도 이곳 다카야마밖에 없습니다.

국가 지정 사적인 다카야마 진야의 창고도 다카야마성 철거 때 산노마루의 쌀곳간을 이축한 것입니다. 예전에 조공미를 보관했던 곳간으로 덴료 시대의 역사를 말해주는 자료를 전시하고 있습니다.