據說高山城第三代城主金森重頼，因為憐憫從九州流放到此地而亡的加藤光正之靈，於西元1632年將城內的建築物移建成為這座正殿。

法華寺正殿與雲龍寺鐘樓門、素玄寺正殿、神明神社繪馬殿一同，均為高山城相關建築物群，全都遺留極具風格的書院建築色彩。

屋頂的骨架結構是以橫木來補強較細的木材，簡樸中帶著優雅，並讓人感覺到與一般寺廟建築不同的強勁力道。

法華寺正殿最珍貴的地方是，可以讓人清楚明瞭飛驒木匠所建造的城廓建築。