日本擁有從北海道到九州、沖繩等地擁之無數島嶼，其中亦不乏充滿觀光魅力的諸多離島。沖繩諸島、小笠原諸島及隱岐諸島等都是非常著名的島嶼。

旅客通常會搭乘飛機前往離島，但也有只能仰賴船隻才能到達的島嶼，此時就不得不選擇搭船前往。例如沖繩諸島的石垣島上設有「石垣島離島總站」，旅客可以從這裡搭乘小型渡輪或高速水翼噴射船等前往約8座離島。如果從石垣島搭乘高速船前往距離最近的竹富島約15分鐘，此外，前往只能從石垣島搭船前往的西表島則需1小時左右，

選擇搭乘小型船前往離島可能也須預約，因此請旅客事先確認。若為無須預約或無法預約之情況則依序上船即可，但若乘客人數超過船隻上限便無法乘船。因此，請盡可能採取事先預約方式，及早出發前往搭船地點，以免向隅。

搭船手續依各船舶運行公司而有所差異，可能須領取乘船券、記錄乘客名單、寄放行李及支付隨身行李費用等。此外，也須注意是否有攜帶隨身行李進入船艙之相關限制。除了考慮辦理以上搭船手續所需時間之外，若預定於當天購買乘船券，則須多加留意預留充足的時間。

前往離島的航路為外海，因此請留意可能會因惡劣天候而經常停駛。最令旅客困擾的情況為「已搭乘飛機前往最近的機場，但預定的船隻停駛而無法前往島嶼，臨時找不到可以住宿的飯店」、或是「從島嶼出發的船班停駛，無法搭上回程的飛機」。如果覺得天候不佳，請及早向航空公司等確認是否可能停飛停駛、取消航班或船班並安排因應對策。若在島嶼當地遭遇停駛情況時，應確保可替代性之航班或其他交通工具及住宿地點。日本通常於夏秋之際常有颱風侵襲，而冬季又常因惡劣天候而停駛。這些季節搭乘船隻時應多加留意。

外海航路可能會因大浪而劇烈搖晃，因此也有許多乘客會有暈船現象。藥妝店等店內能輕鬆購買到暈船藥，建議擔心暈船的乘客可以在搭船前事先服用藥物。